Сотрудники Центра высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины ФНКЦ ФХМ ФМБА разработали новый метод идентификации маркеров опухоль-ассоциированных фибробластов (ОАФ), основанный на интегрированном мета-анализе опубликованных данных секвенирования РНК одиночных клеток от 119 пациентов и 10 различных типов опухолей. Анализ экспрессии генов во всех клетках различных типов опухолей позволил выявить гены, экспрессия которых уникальна для опухолевых фибробластов и отсутствует в опухолевых клетках и их микроокружении.
Гены, идентифицированные в этом исследовании, в основном, отличаются от используемых в настоящее время обычных маркеров. Эти гены можно использовать в качестве новых маркеров для идентификации популяции опухоль-ассоциированных фибробластов. В настоящее время общепризнанно, что опухоль-ассоциированные фибробласты (ОАФ) являются ключевыми компонентами стромального микроокружения опухолевых клеток. Тем не менее, ОАФ по-прежнему плохо охарактеризованы, а список генов-маркеров ОАФ сильно различается в литературе.
Поэтому главным ограничивающим фактором для изучения ОАФ остается проблема выявления ОАФ среди других обладающих мезенхимальным фенотипом клеток опухоли и ее микроокружения. В данной работе были всесторонне изучены отличительные особенности транскриптома ОАФ на основании биоинформатического анализа данных секвенирования РНК одиночных клеток нескольких типов опухолей и соответствующих нормальных тканей. В результате для 9 различных типов опухолей были идентифицированы ОАФ-специфические гены и 10 белков-маркеров, которые специфично окрашивают стромальные клетки опухоли по данным иммуногистохимического анализа из базы данных Human Protein Atlas.
Наши результаты позволяют подобрать наиболее подходящую комбинацию маркеров ОАФ. В рамках данного исследования было проведено сравнение трех различных подходов к изучению транскриптомных отличий фибробластов из здоровых тканей и опухоль-ассоциированных фибробластов. Было продемонстрировано, что анализ свежих образцов опухолей и здоровых тканей (ex vivo данных) наилучшим образом подходит для этой задачи. Используя данные секвенирования РНК одиночных клеток, мы выявили общие различия в паттернах экспрессии генов между нормальными и опухоль-ассоциированными фибробластами, которые не зависят от типа опухоли.