Разнообразие репертуара ТКР в значительной степени определяет эффективность иммунной защиты и диапазон распознаваемых антигенов. Более того, индивидуальный репертуар ТКР содержит в себе потенциально читаемую информацию об эффективности прошедшей вакцинации, о последствиях проведенной иммунотерапии, а также о наличии и динамике заболеваний.
Сотрудники Центра высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины приняли участие в создании и пополнении базы данных VDJdb, содержащей общедоступные данные о последовательностях Т-клеточных рецепторов с определенной антигенной специфичностью. В эпоху пандемии особенно ценным вкладом в развитие VDJdb стало пополнение базы последовательностями Т-клеточных рецепторов, распознающих различные эпитопы SARS-CoV-2, представляемые MHC первого и второго класса.
Собраны и проанализированы данные исследований из лабораторий по всему миру, специализирующихся на анализе антигенспецифичных Т-клеточных ответов при COVID-19, а также показана согласованность и воспроизводимость данных из разных источников. Данные содержат более 3000 последовательностей α- и β-цепей TКР и десятки родственных эпитопов, представленных человеческими лейкоцитарными антигенами (HLA) класса I и класса II, которые могут найти применение в крупномасштабных клинических и экспериментальных исследованиях, посвященных COVID-19. База данных доступна по адресу https://vdjdb.cdr3.net.
Читать статью